Gradsko vijeće zahtijevalo je da prior mora biti: dobra ponašanja, ljubazna i uviđavna, te na svom mjestu“. Prior nije smio u lazaret puštati nikoga osim dobavljača hrane. Unutar lazareta nije smjelo biti gostionica, a nije smio imati ni svoje kokoši, psa ili mačku. Osobe u karanteni mogle su kupovati samo meso ili ribu, te hranu pripremati za jelo samo na svom ognjištu ili kaminu. Prior i lučki kapetan bili su plaćeni iz Carske blagajne. Lazaret ima i stalnog gvardijana koji prihoduje većinom od direktne naplate lazaretskih usluga. Prema potrebi se angažiraju dodatni čuvari i nosači (fakini). Lazaret redovito obilazi gradski liječnik.
Prvi upravitelj je bio je Marco Antonio de Orebich kojeg 1742. godine zamjenjuje Nicolo Tomaso Simich, a nakon njega 1773. Francesco Nicolo de Stemberg.
U upravnom smislu, do promjene dolazi 1752. kada lučka i sanitetska administracija iz općinske prelazi pod nadzor države, odnosno tršćanske Trgovinske intedance za Austrijsko primorje. Slijedeća promjena dogodila se 1776. kad nadzor preuzima novoosnovani Riječki gubernij.
U drugoj polovici 18.st. u poslovima pomorskog saniteta, svojom funkcijom i sposobnošću ističe lučki kapetan Giovanni Giuseppe Gerlitzi.
Iz interne prepiske osoblja lazareta, tršćanske Trgovinske intedance za Austrijsko primorje, riječkog Sanitetskog poglavarstva, Namjesništva grada i slobodne luke Rijeka te spomenutog lučkog kapetana koji se čuvaju u DAR-u (JU 4, Riječki gubernij, Commerciale, 2, str. 1746-1773.). Ti se spisi, uz nešto očuvanih popisa inventara lazaretske opreme i upravnih akata, dobrim djelom svode na dugogodišnja međusobna tužakanja i optužbe priora Nicole Tomasa Simicha i gvardijana Antona Žagara. Između redaka tog sočnog štiva u kojem ne nedostaje razbijenih noseva i glava, naziru se zanimljive pojedinosti iz svakodnevnice lazareta.
Svežanj spisa započinje obavijesti o otkazu službe lazaretskog stražara i vratara (gvardijana) Jakova Kropca i postavljanju Ante Žagara na njegovo mjesto dana 4.lipnja 1753. Prior Nikola Toma Šimić 13.svibnja 1753. nabraja potrebe popravka pukotina u zidu i svodovima u prizemlju zgrade priorata za koje navodi da nisu popravljeni nakon zadnjeg potresa, zatim potreba za zamjenom vrata i prozora s griljama na kontumacijskim zgradama, rešetki na zidu koji kontumacijski odjel dijeli od dvorišta sa skladištima, sanacije krovišta od štala, izvedbe nove stolarije lazaretskih portala te popravak glavnog portala. Krov velike štale urušava se 1756. a na očevid se poziva Capitan Ingegnere de Bonomo. U ovom spisu se navodi da štale ne treba smatrati dijelom lazaretskog kompleksa jer su izgrađene zbog nekadašnjeg intenzivnog prometa carskih vojnih trupa između Ugarske, Napuljskog Kraljevstva i Sicilije, te su služile za smještaj konja i časničkih kola. Sada se štale iznajmljuju strancima za pohranu kola (na mapama se vidi da je prilaz štalama imao zaseban ulaz s južne, morske strane na mjestu današnjeg malog portala, kao i sa kopnene strane. Štale su bile na mjestu današnje Klinike za Infektologiju KBC Rijeka).
Spis iz 1756. odnosi se na provođenje naplate od jedne "petize" po osobi u kontumacu ili po očišćenoj robi. Vrijeme je "Sedmogodišnjeg rata" 1756.-1763. kada su se pomlatili saveznici Austrija, Francuska, Rusija, Švedska, Španjolska i Saksonija protiv saveza Pruske, V.Britanije i Portugala. Tada je ruska vojska zauzela Prusku prijestolnicu Berlin, a naši iz lazareta su uspjeli naplatiti boravak vojnika od ruskog zapovjednika.
O malverzacijama svjedoči obavijest iz 1760. adresirana na Šimića u kojoj se on kao upravitelj obavještava o nedopustivoj praksi pristajanja i iskrcavanja mjesnih barki s vinom u lazaretskom mandraću, čime se izbjegavaju obaveze prema lučkoj kapetaniji.
Godine 1762. na uviđaj radi popravka krovišta poziva se Ajutante Ingegniere Felice de Verneda (vjerovatno se radi o Feliceu Stefanu de Vernedi 1727.-1814., prvorođenom sinu Antonia de Vernede).
Te je godine prior Šimić fizički napao gvardijana Žagara koji ga je zbog toga prijavio Magistratu. Šimić optužuje svog gvardijana da unatoč zabrani radi u skladištima Temišvarske kompanije (obližnja Rafinerija šećera) dok odbija raditi zajedno s fakinima u lazaretskim skladištima. Također ga prijavljuje 1764. zbog nemarnog obavljanja stražarsko promatračke službe u mandraću jer Žagar za taj posao angažira svoju ženu i djecu. Stoga Šimić zahtjeva da taj posao, prema uzoru tršćanskog lazareta obavlja carsko-kraljevska feluka (arapski naziv za jedrenjak na području mediterana sa jednim ili dva jarbola ).
Dalje iz spisa doznajemo da su riječkom doktoru Grazianiju zbog godina i narušenog zdravlja otežane redovite vizite karantene, osobito kad je loše vrijeme, pa mu se na raspolaganje stavlja kaić.
A poduzetni gvardijan Ante Žagar je i 1773. prijavljen da je neovlašteno naplaćivao dodatne takse korisnicima lazareta. Oštećenom Basiliju Calligi s Krfa koji je iznos platio za svoje mornare obećava se povrat novca.
Žagara to nije ni najmanje omelo u daljnjim pothvatima pa od Uprave zahtijeva nadoknadu troškova za ulje koje je u svojih devetnaest godina službe u lazaretu potrošio na podmazivanje brava i satnog mehanizma "penjući se dvaput u dvadeset i četiri sata na toranj" te i za fenjer kojim je navečer obilazio kontumirane.
Uslijedio je i novi zahtjev da mu se dodijele još dvije sobe u zgradi priorata kraj glavnog portala jer da te sobe prior iznajmljuje strancima dok on sa ženom i troje djece živi u jednoj sobi dok se Šimić širi u četiri sobe i velikom salonu.
Nakon Šimićeve smrti 1773. novi prior Francesco Nicolo de Stemberg u srpnju 1774. sastavlja popis dokumenata i knjiga koje je dotadašnji prior vodio, a radi se o dnevniku kontumaca i roba, naputka za upravitelje lazareta i zdravstvenog protokola, općeg pravilnika sanitarnog ureda, zdravstvenog, redarstvenog i gospodarskog pravilnika lazareta itd.
Novi prior de Stemberg je imao problema sa susjednim korisnicima lazaretskog posjeda koji su nakon Šimićeve smrti htjeli prisvojiti dio posjeda pa je morao pozvati Antona Gnamba radi ponovne geodetske izmjere i uspostave novih graničnika.
Središnji dio južnog dijela kompleksa luke i lazareta zauzimala je zgrada Priorata (N. 9) koja je izvorno imala oblik slova "L" (N.10) te je taj dio u neko doba srušen. Isto tako je nepoznato kada je uklonjen tornjić sa satom i balkon iznad glavnog, južnog ulaza u zgradu.
